De Nieuwe Meer en de Ringvaart vormen de grenzen van het Amsterdamse Bos en maken deel uit van de uitgestrekte Rijnlands boezem, die een groot aantal wateren in Noord- en Zuid-Holland omvat. Vissen komen daardoor gemakkelijk het Bos in. De algemene soorten zijn er dan ook allemaal te vinden: paling, brasem, karper, rietvoorn, snoek, snoekbaars, stekelbaars. Maar ook water verandert, waardoor de visstand gewijzigd kan worden. Zo heeft de regenboogforel het niet gehaald. In de z.g. siervijvers kan het water nogal eens troebel zijn.
Ook komen er in en rond het Bos nieuwe soorten bij. In de Nieuwe Meer zijn roofbleien, vlokreeften en Aziatische korfmosselen aangetroffen. Stadsecoloog Martin Melchers: ‘Een kanaal heeft het stroomgebied van de Rijn met dat van de Donau verbonden, waardoor bijna een heel continent is ontsloten en exoten ons land kunnen bereiken. Als je de voorwaarden schept, dienen de vissen en ook andere dieren zich aan. De globalisering in de natuur is allang een feit.’