De algemeen bekende planten en bloemen komen verspreid voor in het hele Bos. In Polder Meerzicht staan veel planten uit het aloude veenweidelandschap, alsmede de pinksterbloem en andere typische weidebloemen. In een paar gebieden zijn ook bijzondere exemplaren te vinden, zoals op de oeverlanden langs de Amstelveense Poel. Dankzij het spaarzame grondgebruik aldaar groeien er de grote koningsvaren, de welriekende nachtorchis, parnassia en de zonnedauw, die insecten eet.
Het Vogeleiland is een heemtuin waar zo’n 300 verschillende soorten planten, struiken en bomen groeien. In het voorjaar bloeien er wilde hyacinten, knolsteenbreek en kievitsbloemen, in de zomer moerasspirea, engelwortel, koninginnekruid, bolderik en de korenbloem en in de herfst de kardinaalsmuts. Geen wonder dat het eiland veel insecten, vlinders en libellen trekt. Bijzonder is ook het Bloesempark, waar eind maart enkele honderden kersenbomen in bloei staan.
Over planten en bloemen in het Schinkelbos valt nog weinig te zeggen, daarvoor is het nog te jong. De flora wil er graag, maar de variatie (en groei) wisselt voorlopig nog. Gedetailleerde informatie over de flora en fauna is te vinden in het boek Het Amsterdamse Bos, Natuur dichtbij de stad (2003), dat te koop is in de Boswinkel.