De wandelpaden met een totale lengte van 137 kilometer zijn alle geschikt voor hardlopen. Over het hele jaar genomen is het de meest beoefende sport in het Bos. Het aantal mogelijkheden om het parcours te variëren is bijna onbegrensd. Veel lopers bepalen hun eigen route. Het Bos heeft routes uitgestippeld van 5, 10 en 21 kilometer. Deze zijn te volgen via paaltjes met een loper erop en zijn te downloaden via internet (amsterdamsebos.nl). Er is een conditiecircuit van 2,4 kilometer met toestellen voor oefeningen (de Bos-Kros) en een veldloopparcours dat zich rond de Heuvel concentreert.
Populair is het rondje Bosbaan van 5 kilometer, over deels verharde en onverharde paden. Na afloop wacht er koffie in het Grand Café de Bosbaan. Het hele jaar door zijn er georganiseerde lopen, zoals de Poelsterloop, de Midzomernachtcross, de Finance Run en een Kerstloop. De eerste officieuze loopgroep was de groep Comello in 1963. Bij het tienjarig bestaan werd een route gecomponeerd van 21 km en 96 meter, de halve marathon. Ook bekend was de Bosploeg, waarvan de kern werd gevormd door werknemers van Fokker. Hardloop Club Amsterdam is de oudste hardloopclub in Amsterdam en traint al 35 jaar in het Bos (zie de foto hierboven). Alleen of in een groep, zon of regen, ’s ochtends vroeg of op een zomeravond, voor hardlopers is het Bos een uitdaging van de eerste orde.